Der Bora Variant war eine besonders exklusive Version des Golf Variant; verkauft wurde er von April 1999 bis Dezember 2004. Das Hauptunterscheidungsmerkmal zum Schwestermodell: die abweichende Frontpartie mit eckigen Scheinwerfern. Umfangreicher war zudem die Ausstattung; sie umfasste unter anderem einen variablen Laderaum mit zusätzlichen Staufächern im Unterboden. Bis auf einen Benziner und Diesel wurden die gleichen Motoren wie im Golf angeboten. Es gab den Edel-Variant zudem optional als 4MOTION-Modell mit Allradantrieb. Das Spitzenmodell, der Bora 2.8 V6 4MOTION, schickte 204 PS an beide Antriebsachsen.
